Prestation

Contrôler les IJSS et la prévoyance de vos salariés en arrêt

Un arrêt de travail mal suivi coûte deux fois : des indemnités jamais reçues d'un côté, des sommes déduites à tort de l'autre. Nous rapprochons ce qui était dû, ce qui a été versé et ce qui figure sur le bulletin.

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Les indemnités journalières, une source d'écarts permanente

Quand un salarié est en arrêt maladie, trois acteurs paient : l'Assurance maladie verse des indemnités journalières, l'employeur complète au titre du maintien de salaire, et l'organisme de prévoyance prend parfois le relais. Chacun calcule de son côté, à sa date, sur sa propre base. Dans une petite entreprise artisanale, personne n'a le temps de rapprocher ces flux. Le bulletin déduit des IJSS qui ne sont jamais arrivées, ou au contraire l'entreprise encaisse des indemnités qu'elle n'a jamais reversées. L'écart se découvre au bilan, au départ du salarié, ou pas du tout.

Nous faisons ce rapprochement pour vous, arrêt par arrêt. Nous calculons les indemnités attendues, nous les comparons aux sommes réellement versées par la caisse et par l'assureur, et nous vérifions que le bulletin en tient compte correctement. Les écarts sont expliqués et régularisés.

Ce que verse l'Assurance maladie

Les indemnités journalières maladie sont dues après un délai de carence de trois jours. Elles représentent 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les salaires bruts des trois mois précédant l'arrêt. Pour les arrêts qui débutent à compter du 1er avril 2025, les salaires retenus sont plafonnés à 1,4 fois le Smic mensuel (décret n° 2025-160 du 20 février 2025), contre 1,8 fois auparavant. Ce plafond plus bas réduit les IJSS des salariés les mieux payés et augmente mécaniquement la part qui reste à la charge de l'employeur ou de la prévoyance quand un maintien de salaire est dû. Les IJSS maladie supportent la CSG au taux de 6,2 % et la CRDS au taux de 0,5 %, prélevées par la caisse.

Le contenu de la mission

Ce que nous contrôlons

Signalement d'arrêt et attestation de salaire

Les indemnités ne partent que si la caisse dispose des éléments de salaire. En DSN, le signalement d'arrêt de travail doit être transmis dans les cinq jours qui suivent la connaissance de l'arrêt. Nous émettons ce signalement, vérifions qu'il a été accepté et contrôlons la date de reprise. Une reprise non déclarée, ou une prolongation mal reportée dans la paie, suffit à bloquer ou à fausser les versements.

Subrogation ou paiement direct

Avec la subrogation, l'entreprise maintient le salaire et perçoit directement les IJSS à la place du salarié ; elle doit l'indiquer dans le signalement, avec les dates prévues par la convention collective et un IBAN exact. Sans subrogation, le salarié reçoit les IJSS chez lui et le bulletin ne doit déduire que ce qu'il perçoit réellement. Nous vérifions que le choix fait est appliqué de bout en bout, et nous suivons les relevés de paiement de la caisse pour les rapprocher des montants portés en paie.

Maintien de salaire légal

L'article L1226-1 du Code du travail ouvre un complément employeur au salarié qui compte au moins un an d'ancienneté, a transmis son arrêt dans les 48 heures et est pris en charge par la Sécurité sociale. Le complément démarre après sept jours d'absence, sauf accident du travail ou maladie professionnelle. Il garantit 90 % du brut pendant trente jours puis deux tiers pendant trente jours, durées allongées de dix jours par période de cinq ans d'ancienneté au-delà de la première année, dans la limite de quatre-vingt-dix jours chacune. Les IJSS et les prestations de prévoyance viennent en déduction.

Maintien conventionnel et relais de prévoyance

Beaucoup de conventions de l'artisanat améliorent ce socle légal : carence réduite, durée plus longue, garantie de net. Au-delà, le contrat de prévoyance collectif prend le relais selon sa franchise. Nous lisons votre convention et votre contrat de prévoyance, nous calculons ce que chacun doit verser, et nous vérifions que l'assureur a bien été saisi et a bien payé. C'est souvent là que se perdent les sommes les plus importantes, sur les arrêts longs.

IJSS reçues non déduites, ou déduites non reçues

Les deux erreurs existent, et elles se cumulent parfois sur le même dossier. Des IJSS déduites du bulletin mais jamais versées pénalisent le salarié. Des IJSS encaissées par l'entreprise en subrogation, mais non portées en paie, créent un enrichissement que l'URSSAF ou le salarié peut relever. Nous dressons l'état arrêt par arrêt et régularisons sur le bulletin suivant, avec l'explication qui va avec.

Déroulement

Comment se déroule le contrôle

Collecte des pièces

Arrêts de travail et prolongations, bulletins de la période, relevés ou bordereaux de paiement des indemnités journalières (ceux de la caisse si vous êtes subrogé, ceux du salarié sinon), décomptes de l'organisme de prévoyance, contrat de prévoyance et sa notice. Nous vous disons exactement quoi chercher et où.

Calcul de ce qui était dû

Pour chaque arrêt, nous recalculons les IJSS théoriques (carence, salaire journalier de base, plafond applicable à la date de début), le maintien de salaire légal ou conventionnel et la part attendue de la prévoyance. Nous tenons compte des arrêts antérieurs sur les douze derniers mois, qui réduisent les droits au maintien.

Rapprochement et état des écarts

Nous comparons le théorique, le versé et le porté en paie. Vous recevez un état clair : sommes à réclamer à la caisse ou à l'assureur, sommes à reverser au salarié, retenues à corriger. Chaque écart est relié à sa cause (signalement, IBAN, date de reprise, déclaration à l'assureur absente).

Régularisation et suivi

Nous régularisons sur le bulletin suivant, corrigeons la DSN si besoin, préparons les demandes à l'organisme de prévoyance et suivons les relances jusqu'au paiement. Si nous produisons votre paie, ce rapprochement devient ensuite systématique, chaque mois.

Les cotisations, l'autre moitié du sujet

Les IJSS ne supportent pas les cotisations sociales de la paie : la caisse a déjà prélevé la CSG et la CRDS. Le complément versé par l'employeur, lui, est un élément de rémunération soumis aux cotisations et à la CSG comme un salaire. En subrogation, le bulletin fait apparaître les IJSS pour mémoire, puis les retire de l'assiette : une ligne mal paramétrée suffit à cotiser sur des indemnités qui n'auraient pas dû l'être, ou à l'inverse à exonérer un complément employeur. Les indemnités versées par l'organisme de prévoyance obéissent à leurs propres règles, selon la part du financement prise en charge par l'employeur. Nous contrôlons ces assiettes à chaque arrêt.

La garantie de net

Certaines conventions ou certains contrats de prévoyance prévoient que le salarié ne peut percevoir, pendant son arrêt, plus que ce qu'il aurait touché en travaillant. Le complément est alors plafonné au net habituel. Ce calcul, simple dans son principe, devient délicat quand les IJSS arrivent en décalé ou quand l'assureur verse ses prestations des semaines plus tard. Nous le refaisons à réception de chaque paiement, pour éviter le salarié surpayé un mois et sous-payé le suivant.

Ce que nous savons des régimes de branche

Chaque métier a son régime, et nous ne citons un organisme que lorsque nous en sommes sûrs. Dans la coiffure (IDCC 2596), le régime de prévoyance conventionnel est associé à AG2R La Mondiale. Dans la boulangerie-pâtisserie artisanale (IDCC 843), les documents du régime de prévoyance de branche sont également diffusés par AG2R La Mondiale. Depuis la décision du Conseil constitutionnel de 2013 sur les clauses de désignation, une branche peut recommander un organisme sans l'imposer : l'entreprise peut s'assurer ailleurs, à condition de respecter les garanties conventionnelles. Pour les autres métiers, nous partons de votre contrat et de votre convention, vérifiés au cadrage.

En Alsace et en Moselle

Dans le Bas-Rhin, le Haut-Rhin et la Moselle, le droit local ajoute une règle propre : l'article L1226-23 du Code du travail maintient le salaire du salarié absent pour une cause personnelle indépendante de sa volonté et pour une durée relativement sans importance, sous déduction des indemnités versées par un régime obligatoire. Nous l'appliquons aux entreprises artisanales de ces trois départements, en plus du régime local d'assurance maladie.

Questions fréquentes

Vos questions sur les IJSS et la prévoyance

Comment savoir si les IJSS ont bien été versées ?

En subrogation, c'est l'entreprise qui reçoit les paiements : les relevés de la caisse indiquent la période indemnisée et le montant. Sans subrogation, c'est le salarié qui les reçoit et qui peut consulter son relevé sur son compte ameli. Nous rapprochons ces relevés avec les arrêts transmis et avec le bulletin. Un arrêt sans paiement plusieurs semaines après la date attendue signale presque toujours un problème de signalement en DSN, de date de reprise ou de coordonnées bancaires.

Que faire si des IJSS ont été déduites alors qu'elles n'ont jamais été versées ?

Il faut d'abord comprendre pourquoi la caisse n'a pas payé : signalement absent ou rejeté, carence, conditions d'ouverture des droits non remplies. Selon la cause, on relance la caisse ou on reconnaît que les indemnités ne viendront pas. Dans ce second cas, la retenue faite sur le bulletin doit être rendue au salarié par une régularisation, sous réserve des règles du maintien de salaire. Nous traitons les deux étapes et vous préparons l'explication à donner au salarié.

Le maintien de salaire est-il dû dès le premier jour ?

Pour une maladie ordinaire, le maintien légal ne démarre qu'après sept jours d'absence et suppose au moins un an d'ancienneté. En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, il commence dès le premier jour. Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables, sur la carence comme sur l'ancienneté requise. C'est votre convention de métier qui tranche, et c'est la première chose que nous vérifions.

Quand la prévoyance prend-elle le relais ?

À l'issue de la franchise prévue par le contrat, souvent après une période où l'employeur a lui-même assuré le maintien de salaire. L'assureur ne paie que s'il a été saisi : déclaration de l'arrêt, pièces médicales et relevés d'IJSS. Faute de déclaration, les arrêts longs restent entièrement à la charge de l'entreprise. Nous vérifions que chaque arrêt qui dépasse la franchise a été déclaré et nous suivons le versement des prestations.

Les IJSS doivent-elles figurer sur le bulletin de paie ?

En subrogation, oui : l'entreprise les a perçues pour le compte du salarié, elles apparaissent pour être reversées dans le net, et elles sont exclues de l'assiette des cotisations. Sans subrogation, elles n'apparaissent pas comme un versement, puisque le salarié les reçoit directement, mais elles entrent dans le calcul du complément employeur. Dans les deux cas, le bulletin doit permettre au salarié de comprendre ce qu'il a perçu et de qui.

Pour aller plus loin

Premier contact

Un arrêt de travail dont les chiffres ne tombent pas juste ?

Transmettez-nous l'arrêt, les bulletins de la période et les relevés d'indemnités dont vous disposez. Nous vous disons ce qui manque, ce qui est dû et à qui le réclamer.